Covid-19 : californien, sud-africain, japonais, brésilien... ces variants qui inquiètent

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Les nouveaux variants du coronavirus sont scrutés, mais il faut encore un peu de recul pour pouvoir connaître toutes leurs propriétés.
Les nouveaux variants du coronavirus sont scrutés, mais il faut encore un peu de recul pour pouvoir connaître toutes leurs propriétés.

Les nouveaux variants du Covid-19, découverts en Afrique du sud, au Japon ou encore en Californie, inquiètent de plus en plus. Il faut pourtant un peu de recul pour découvrir s’ils sont plus contagieux ou plus graves.

Alors que le variant britannique du coronavirus est au coeur de toutes les inquiétudes et qu’il est très scruté en Europe, d’autres souches du Covid-19 circulent dans le monde. Et elles alarment là où elles passent.

Depuis que le coronavirus a fait son apparition, il y a désormais plus d’un an, il a déjà connu de nombreuses mutations. “C’est quelque chose de naturel et ça va continuer”, prévient Yvon Le Flohic, médecin généraliste, épidémiologiste et membre du collectif Du côté de la science.

Comme nous l’expliquait Marc Gastellu-Etchegorry, médecin épidémiologiste et directeur adjoint d’Epicentre, pour un précédent article, les virus sont composés “d’acides aminés qui forment un code génétique”, comme l’ADN dans nos propres cellules. Lorsqu’il intègre un hôte - qu’il soit humain ou animal - le virus se multiplie, en répliquant son matériel génétique. Il arrive que quelques erreurs se glissent au cours de ce procédé. Parfois, l’erreur est telle que cette nouvelle version du virus est impropre à la survie. Mais il arrive aussi que le virus, légèrement modifié, survive et se multiplie.

Dans certains cas, la mutation passera inaperçue - et ne sera visible que si le virus est séquencé - mais dans d’autres cas, la mutation peut changer l’une des caractéristiques du virus. Et c’est là que ça peut devenir problématique.

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Le variant sud-africain

Ça semble notamment être le cas du variant sud-africain, qui fait de plus en plus parler de lui. Comme son nom l’indique, cette mutation a été repérée pour la première fois en Afrique du Sud, vers le mois d’octobre. Elle est depuis devenue majoritaire dans le pays et s’est propagée ailleurs, notamment en Europe et en France dès la fin du mois de décembre.

À l’instar du variant britannique, le sud-africain, aussi appelé 501Y-V2, présente “des modifications sur la protéine de surface du coronavirus – aussi appelé la protéine S [ou Spike, ndlr] - (qui permet au virus de s’accrocher à la cellule)”, précise le professeur Pierre Tattevin, chef du service d’infectiologie du CHU de Rennes, auprès ddde Ouest France.

Il est considéré comme plus contagieux, là encore comme son homologue britannique. Mais il faut, pour l’heure, rester prudent “avant d’attribuer des propriétés aux variants”, tempère Yvon Le Flohic, médecin généraliste, épidémiologiste, notamment en raison du manque de recul sur le sujet.

Selon l’OMS, ce variant possède également la mutation E484K, qui est susceptible d’avoir un impact sur l’immunité. Sur le sujet, Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique, a affirmé sur BFMTV que le vaccin serait “40% moins efficace” sur la mutation sud-africaine, tout en précisant qu’il s’agissait des “premières données” disponibles. Là encore, le docteur Yvon Le Flohic appelle à la prudence avant de tirer des conclusions et rappelle que, pour l’heure, “aucune étude ne le dit. Les seules études effectuées, ce sont des études sérologiques qui ne concernent pas des gens vaccinés”.

Quant à sa dangerosité, “aucun élément n'indique à ce jour qu'il serait à l'origine de formes plus sévères chez les personnes infectées” précisait Santé Publique France dans son point hebdomadaire du 21 janvier.

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Le variant japonais (ou brésilien)

Les scientifiques japonais ont découvert ce nouveau variant sur leur territoire mardi 12 janvier, chez quatre personnes qui revenaient du Brésil, rapporte France 24. S’il est très récent, il suscite d’ores et déjà la crainte. Au point d’être qualifié par le microbiologiste britannique Ravi Gupta de “variant le plus inquiétant du moment”. D’autant qu’une étude menée par des chercheurs brésiliens et britanniques montre qu’entre le 15 et le 23 décembre, dans la ville brésilienne de Manaus (capitale de l’État de l’Amazonas), ce variant représentait 42% des cas de coronavirus étudiés.

Il présente, en tout, 17 modifications selon les Centres américains pour le contrôle et la prévention des maladies, contre neuf pour le variant anglais. Parmi elles, trois se situent sur la protéine Spike - qui permet de s’accrocher aux cellules. De quoi inquiéter, puisque ce genre de mutations peut affecter la transmissibilité ou la résistance aux anticorps. Cependant, l’Institut national des maladies infectieuses japonais a bien précisé que “pour le moment, il n’y a aucune preuve montrant que le nouveau variant [...} soit plus contagieux”, rapporte le Huffington Post.

Si l’étude sur ce variant n’en est encore qu’à ces débuts, les scientifiques s’interrogent déjà sur l’efficacité des vaccins. Car, comme l’explique Lawrence Young, virologue et professeur d'oncologie moléculaire à la Warwick Medical School, à France 24, “on estime que le vaccin continue à faire son travail lorsqu'il y a trois ou quatre mutations dans la protéine 'spike', mais au-delà, il devient difficile de se prononcer”. Il faudra encore étudier ce variant avant d’en avoir le coeur net.

Le variant californien

Ce nouveau variant, nommé CAL.20C, a déjà pris une place importante en Californie où il a été repéré en fin d’année dernière. Le 18 janvier, il représentait déjà un tiers des cas de Covid-19 dans la ville de Los Angeles, rapporte le site du centre médical Cedars-Sinaï. Selon Reuters, il serait aussi présent dans l’État de New York et à Washington, c’est-à-dire à l’exact opposé du pays, mais aussi dans le sud, comme au Texas.

La première étude sur ce sujet - pas encore validée - postée le 20 janvier montre que cette nouvelle version du virus compte cinq mutations, dont trois sur la protéine Spike. Mais les scientifiques ne savent pas encore ce que cela implique “en termes d'infectivité et de résistance aux anticorps” rapporte L’Express.

Eric Vail, professeur adjoint de pathologie à Cedars-Sinai, a cependant souligné, sur le site du centre médical, que “la récente flambée des cas de Covid-19 dans le sud de la Californie coïncide avec l’émergence du CAL.20C”.

Par ailleurs, les scientifiques américains ont mis en avant une particularité de ce variant : il serait apparu dès le mois du juillet, mais aurait été en sommeil jusqu’en novembre.

Le variant espagnol

Avant que ces récents variants ne fassent la une, d’autres avaient déjà été repérés dans le monde et en Europe. À l’instar de ce qu’on pourrait appeler le variant espagnol, ou 20A.EU1, découvert en Espagne en juin. Ce variant s’est répandu durant l’été sur tout le vieux continent.

Selon les chercheurs de l’université de Bale qui se sont penchés sur le sujet, cette souche représentait 80% des cas en Espagne et au Royaume-Uni en octobre, et environ 40% en France et en Suisse. Il était donc très présent - voire majoritaire par endroit - durant la deuxième vague qui a si durement frappé l’Europe. Il est même allé jusqu’à Hong Kong et en Nouvelle-Zélande.

Avant cela, la forme du coronavirus portant la mutation D614G sur la protéine Spike, repérée en avril 2020, est rapidement devenue dominante par rapport au virus initial découvert en Chine. “On a mis plus de trois mois à avoir des données un peu solides dessus”, rappelle le médecin et épidémiologiste Yvon Le Flohic. Mieux vaut donc éviter de se précipiter avec les nouveaux variants repérés un peu partout dans le monde.

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