Sur la piste du microbiote pulmonaire, affecté par les infections respiratoires

Comme sur la peau ou dans les intestins, les poumons sont colonisés par divers microorganismes commensaux qui suscitent l'intérêt des médecins car ils contribuent à la santé pulmonaire.

Dans les quelque 60 à 80 mètres carrés de surface pulmonaire, organisées en bronches, bronchioles et alvéoles, résident des centaines de milliers de microorganismes qui influent sur la santé des poumons en stimulant le système immunitaire. Ce microbiote pulmonaire commence tout juste à être exploré car "on a longtemps cru que les poumons étaient stériles", signale Carmen Buchrieser qui dirige l’unité Biologie des bactéries intracellulaires à l'Institut Pasteur.

"Aujourd'hui, on commence à étudier son rôle dans certaines pathologies comme les cancers, la mucoviscidose ou les maladies chroniques telles que la bronchopneumopathie obstructive. Mais rarement dans le cas des infections aiguës", précise-t-elle. C'est pour mieux comprendre cet impact qu'elle a mené une étude sur 38 patients hospitalisés atteint de légionellose, une infection respiratoire grave due à une bactérie, Legionella pneumophila, présente dans les eaux douces et tièdes.

Une baisse de la diversité du microbiote

La légionellose est particulièrement grave chez les personnes âgées et les patients souffrant de troubles de l'immunité ou de pathologies pulmonaires sous-jacentes. Néanmoins, certains cas semblent plus sévères que d’autres sans que les médecins sachent réellement pourquoi. Ce sont ces cas graves, hospitalisés et parfois nécessitant une assistance ventilatoire que Carmen Buchrieser a exploré. Pour avoir une image du microbiote pulmonaire, la chercheuse a utilisé des prélèvements issus d'aspirations trachéales et de broncho-lavages pulmonaires, deux procédures invasives rendues nécessaires par l'état clinique des patients. L’équipe de Pasteur a utilisé le séquençage à haut débit des gènes, associé à une approche de quantification, pour caractériser l'évolution du microbiome des voies respiratoires des patients au cours de l'infection.

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"Nous avons observé une baisse de la diversité des microorganismes et une colonisa[...]

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