Le coronavirus, symptôme d’une biodiversité malmenée

Olivier Saretta
Journaliste Yahoo Actualités
Le coronavirus, symptôme d’une biodiversité malmenée

Pour la communauté scientifique, l’apparition de virus tels que le Covid-19 n’est pas le fruit du hasard : en augmentant le rythme de son expansion et la cadence de ses activités ces dernières décennies, l’homme a porté atteinte à de nombreux écosystèmes, et ouvert la boîte de Pandore.

C’est l’histoire d’une maladie X. Elle raconte comment un agent pathogène issu d’un virus d’origine animale, profitant de l’appétit de développement de l’homme et de ses réseaux de communication, finit par se propager à la Terre entière, rapidement et à bas bruit. Il y a quelques mois à peine, cette histoire était encore l’apanage de scénaristes en mal d’inspiration, ou de collapsologues fraîchement médiatisés. Elle est depuis devenue la nôtre. 

La “maladie X”, d’ailleurs, n’a rien d’une fiction. Elle a même été dénommée ainsi en 2018 par l’OMS, dans la liste des pathologies pouvant potentiellement provoquer un “danger international”. Elle n’est pas non plus la première dans l’histoire récente. Des travaux publiés en 2008 dans la revue Nature par l’équipe dirigée par la chercheuse britannique Kate Jones, répertoriaient ainsi 335 maladies infectieuses émergentes apparues entre 1940 et 2004. Fait marquant : 60% d’entre elles étaient des zoonoses, soit des maladies trouvant leur origine dans la faune. 

Au nombre de ces pathogènes virulents, le virus Ebola, (détecté pour la première fois en 1976 au Zaïre et en République démocratique du Congo), le virus du sida (découvert aux États-Unis en 1981), le SARS, responsable en 2002 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en Chine, ou encore le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV), apparu en Arabie saoudite en 2012. La liste est longue…

Une rencontre explosive

Comment établir, toutefois, une corrélation entre l’émergence de ces zoonoses, et les coups portés à la biodiversité ? “L’homme est un écosystème qui se développe fortement, aussi bien d’un point de vue démographique que géographique, pose en préambule François Renaud, chercheur du CNRS au laboratoire Maladies infectieuses et vecteurs. Or cette expansion se fait à travers d’autres écosystèmes naturels (forêts, bois, sous-bois…). Automatiquement, l’être humain est amené à entrer en contact avec des animaux divers et variés, mais aussi des pathogènes qui, comme lui, cherchent à coloniser tous les milieux possibles à la seule fin de se multiplier. La rencontre peut parfois être explosive.”

Dans un entretien publié en mars dernier sur France TV Slash, Serge Morand, écologue de la santé et chercheur au Cirad, basé en Thaïlande, illustrait de manière éloquente le phénomène, en s’appuyant pour l’occasion sur l’exemple du virus NIPAH. “Le virus NIPAH est le fruit de la rencontre improbable entre une chauve-souris frugivore qui vit normalement en forêt, et un cochon élevé en Malaisie. Comment l’expliquer ? Essentiellement par une déforestation importante liée à la culture du palmier à huile, destinée à l’exportation mondiale, constatait l’écologue. Les chauve-souris, à la recherche de gîte et de nourriture, ont été contraintes de se déplacer et ont élu domicile sur des zones d’élevage intensif et semi-intensif où se trouvaient des arbres fruitiers. Leurs déjections sont tombées sur les cochons qui les ont ingérées, et se sont trouvés infectés par ce virus. Lequel a été transmis aux gens qui élevaient ces animaux, et les morts n’ont pas tardé à arriver. Les porcs ont ensuite été envoyés dans les abattoirs de Singapour, infectant leurs employés…”

Cul-de-sac épidémiologique

Déforestation, conversion des terres agricoles, intensification et, in fine, contamination. La chaîne de la propagation virale est implacable. Conclusion - qui l’est tout autant - de l’expert : “Nous sommes en train de déréguler complètement l’interaction qui pouvait exister entre le vivant, l’humain, et le pathogène. L’homme crée ces flambées épidémiques.” Un constat partagé par son collègue du CNRS, François Renaud : “Si vous mettez des chauve-souris contaminées sur les étals d’un marché, avec des hommes qui gravitent autour, vous créez un véritable réacteur biologique. Plus l’homme pénétrera dans d’autres écosystèmes, plus il s’exposera à ce type d’agents et de maladies infectieuses”, prédit le chercheur.

L’Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) avait sonné l’alarme dès 2006, par l’intermédiaire de Bruce Wilcox et Brett Ellis, du Center for Infectious Disease. Les deux chercheurs avaient ainsi mis en évidence la coïncidence entre l’augmentation des maladies infectieuses émergentes (MIE), et la croissance accélérée des taux de déforestation tropicale enregistrés ces dernières décennies (plus de 250 millions d’hectares ont disparu en quarante ans).

Outre le risque de transmission interespèces résultant de cette destruction, la perte de biodiversité constitue en elle-même un risque majeur. Les écosystèmes échappant à de brutales perturbations d'origine anthropique sont en effet par nature un rempart à l'émergence de nouvelles pathologies d'origine virale. Le virus West Nile, qui a provoqué une vague d’encéphalites potentiellement mortelles aux États-Unis au début des années 2000, en a d’ailleurs fourni un exemple éclatant. Après analyse, il est en effet apparu que le pathogène, véhiculé par les oiseaux, s'était propagé plus facilement dans les régions où les espèces étaient les moins diversifiées. Et pour cause : dans les écosystèmes riches, de nombreuses espèces confrontées à un virus peuvent le détruire ou ne pas le reproduire. Elles jouent en quelque sorte le rôle de “cul-de-sac épidémiologique”. 

Une pierre dans le jardin de l’élevage intensif

Tenir uniquement compte de la variété des espèces serait néanmoins une erreur. “On parle souvent de la diversité sous l’angle de celle des espèces. Mais la diversité au sein d’une même espèce est tout aussi importante, souligne François Renaud. En diminuant le nombre d’individus au sein d’une espèce, on porte atteinte à la variabilité génétique. Or il n’y a rien de pire pour créer des foyers pathogènes.” Une pierre supplémentaire dans le jardin déjà bien lesté de l’élevage intensif, où la standardisation est la norme. Quand on sait que 25 milliards de poulets, 1,5 milliard de vaches et plusieurs milliards de cochons peuplent la surface de la planète, on se dit que les pandémies n’ont pas fini de flamber…

Mais alors, comment éviter l’incendie ? «”Pour commencer, nous devrions mettre en place de véritables observatoires en écologie de la santé, estime François Renaud. Qui transmet quoi, où et comment ? Nous vivons à l’ère du Big Data, et possédons des moyens de calcul phénoménaux.  Nous avons les moyens de connaître les communautés pathogènes qui circulent, de séquencer les génomes, de comprendre les expressions protéiques. Encore faut-il que des observatoires soient créés.”

Reste l’épineux problème de nos modes de production. Car si le constat de leur caractère intrusif et destructeur fait peu de doute, la nécessité de les maintenir pour subvenir aux besoins alimentaires de bientôt neuf milliards d’individus se fait aussi sentir. “Ça, c’est une vraie question que j’aimerais poser à tous les dirigeants politiques : comment nourrir tout ce monde-là, sans recourir à une production de protéines de masse ?” Une bonne question. Mais aussi une autre histoire…