Variant BA2: où en est la France face au petit frère d'Omicron

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Le variant Omicron s'est imposé dans de nombreux pays, dont la France, mais son
Le variant Omicron s'est imposé dans de nombreux pays, dont la France, mais son

SCIENCE - À l’automne, on espérait que la cinquième vague de Covid-19, portée par le variant Delta, atteindrait son pic à la fin de l’année 2021. Puis Omicron est venu chambouler les modèles et a fait exploser les contaminations, poussant le pic à la mi-janvier, selon les modèles de l’Institut Pasteur.

Mais au 24 janvier, le nombre de cas continue toujours de grimper. La faute à la rentrée scolaire, à d’autres facteurs? Voire à BA.2? Ce sous-lignage du variant Omicron, qui semble s’imposer dans plusieurs pays, a été placé sous surveillance par le Royaume-Uni le 21 janvier.

Et en France? Plusieurs études sont en cours pour mieux cerner cette version d’Omicron. Quant à son implantation sur le territoire, “la diffusion reste marginale; avec moins de 70 cas du variant BA.2 séquencés, les informations sont tellement fragmentaires qu’il est difficile d’établir une tendance”, explique au HuffPost Bruno Lina, professeur de virologie au CHU de Lyon et membre du Conseil scientifique.

Le séquençage du génome des coronavirus nous montre l’image de ce qu’il se passe il y a une dizaine de jours. Et si le criblage permet d’être plus réactif, il ne permet pas aujourd’hui de discerner BA.2 d’Omicron.

Un sous-lignage qui pourrait s’imposer

Pour le moment, les données disponibles sont donc très limitées en France. Mais le fait que BA.2 progresse dans plusieurs pays où son grand frère BA.1 (la forme la plus courante d’Omicron) est dominant intrigue les chercheurs. Il est même devenu majoritaire au Danemark. Cette variation d’Omicron est-elle plus transmissible? Échappe-t-elle davantage au vaccin voire à l’immunité conférée après une infection de BA.1?

“Il est plausible, au vu des données danoises, que BA.2 ait un avantage de diffusion sur BA.1, estime Étienne Simon-Lorière, responsable de l’unité Génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur interrogé par Le HuffPost. Sa fréquence semble également augmenter au Royaume-Uni, aux Philippines et en Inde”.

Il faut, comme toujours quand on parle d’un variant émergent, rester très prudent. Le coronavirus mute continuellement et une lettre grecque ne définit pas véritablement un virus. Pour le variant Delta, par exemple, on a dénombré officiellement 209 sous-lignages. “Ces lignages avaient des différences moléculaires, mais pas vraiment de différences biologiques”, modifiant l’effet du virus sur la population, rappelle Bruno Lina. L’avantage de BA.2 sur Omicron premier du nom pourrait n’être dû qu’au hasard. “Mais le scénario d’un avantage tient la route”, avance prudemment Étienne Simon-Lorière.

Des données sur BA.2 dans une dizaine de jours

Si BA.2 s’impose sur l’Omicron classique, que pourrait-il se passer? Selon les premières données partielles venues du Danemark, aucune différence en termes d’hospitalisations n’a pour le moment été relevée entre BA.1 et BA.2, a précisé le Statens Serum Institut danois le 20 janvier.

Encore une fois, impossible d’avoir des certitudes sans données, mais les deux spécialistes ont accepté d’évoquer quelques hypothèses. “Soit il est intrinsèquement plus transmissible que BA.1, ce serait étonnant, mais cela reste possible. Soit il échappe encore plus aux anticorps”, énumère Étienne Simon-Lorière. Mardi 25 janvier sur LCI , Olivier Véran a même estimé que l’on “pourrait potentiellement se recontaminer avec BA.2 après avoir contracté Omicron”. Étienne Simon-Lorière confirme que c’est une possibilité parmi d’autres: “Il n’est pas impossible que BA.2 échappe même à l’immunité induite par une infection causée par Omicron”, juge-t-il.

Ce scénario noir n’est pas impossible, mais aucune statistique ne permet de dire cela pour l’instant. “Il y a des mutations très différentes au niveau de la protéine spike, mais nous n’avons aujourd’hui aucun élément probant pour dire que BA.2 échappe plus à l’immunité qu’Omicron”, tempère Bruno Lina.

Pour le savoir, il faudra étudier en laboratoire le comportement de BA.2 face à des cellules de personnes vaccinées ou précédemment infectées. “En France, nous avons cultivé ce sous-lignage et des études sont en cours, des données devraient être disponibles dans une dizaine de jours”, espère le virologue. Du côté de l’Institut Pasteur, des travaux viennent également de débuter, confie Étienne Simon-Lorière.

Même si BA.2 s’impose, comme il est proche de BA.1, il y a des raisons d’être “partiellement optimiste”, note le chercheur: “dans le scénario noir d’une nouvelle hausse des contaminations, on peut s’attendre à ce que la proportion de formes graves soit plus faible qu’avec les autres variants, comme pour Omicron”.

“Si l’on essaye de se projeter, encore une fois sans certitude, si le niveau de circulation du virus se maintient, cette reprise épidémique pourrait être liée à une différence de réponse immunitaire de BA.2”, estime Bruno Lina. “Une autre possibilité, c’est qu’on ait une décroissance progressive de l’épidémie, mais avec une proportion relativement plus importante de BA.2 sur BA.1″. En clair, son avantage lui permettra de remplacer Omicron, mais pas de relancer l’épidémie.

Améliorer la surveillance en France?

Les jours à venir devraient permettre d’avoir une vision moins brumeuse de l’impact de BA.2 sur la pandémie. Et si les scénarios les moins optimistes se dessinent, il sera important de suivre au plus près l’évolution de ce sous-lignage d’Omicron.

Mais le système de criblage actuel, modifié de nombreuses fois par le passé, ne permet pas ce suivi. “Les données remontées aujourd’hui rendent très difficile la distinction BA.2 et BA.1”, précise au HuffPost Florence Débarre, chercheuse spécialiste en biologie évolutive. Pourtant, une telle distinction serait possible.

Pour suivre Omicron au plus près, le ministère de la Santé demande aux laboratoires de vérifier la présence de certaines mutations caractéristiques de ce variant via un test PCR. “Quatre mutations sont regroupées dans la remontée de données, mais si on les distinguait, ou pourrait différencier les deux sous-lignages d’Omicron”, explique Florence Débarre.

Alors pourquoi ne pas le faire? François Blanchecotte, président du Syndicat des biologistes, précise au HuffPost que “la grande majorité” des laboratoires ne cible qu’une seule de ces 4 mutations (K417N). La raison? “Sur les 7 kits de PCR disponibles, la plupart des fabricants ne proposent que cette mutation sur les quatre”.

Il serait possible de changer cela, mais il faudrait diminuer le nombre de mutations liées à Delta que l’on crible actuellement. Le 20 janvier, une réunion a été organisée par le ministère de la Santé pour réévaluer cette récente stratégie de criblage. “On ne nous a pas demandé de modifier le fonctionnement actuel. Un tel changement impliquerait au moins une à deux semaines de délai, le temps que les fabricants modifient les kits actuels”, explique François Blanchecotte.

Contactée par Le HuffPost, la Direction générale de la Santé précise qu’aucun changement du système de criblage n’est prévu pour le moment, du fait de l’absence de différence démontrée entre BA.1 et BA.2 pour le moment. “Les caractéristiques du BA.2 continuent toutefois à être suivies avec attention et les orientations de la stratégie de criblage pourraient être adaptées si de nouvelles informations recueillies le justifiaient”.

À voir également sur Le HuffPost: Après Omicron, quels seront les futurs variants?

Cet article a été initialement publié sur Le HuffPost et a été actualisé.

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