Le pangolin est source de coronavirus proches du SARS-CoV-2

Julie Kern, Rédactrice scientifique

L’enquête sur les origines animales du SARS-CoV-2, agent étiologique du Covid-19, est toujours d’actualité. Les chauves-souris, notamment l’espèce Rhinolophus affinis, et le pangolin sont les deux seules espèces animales hébergeant des coronavirus très proches du SARS-CoV-2. Si la chauve-souris est l’origine la plus probable du virus, bien qu’aucune preuve formelle n’existe, le rôle du pangolin dans la chaîne de transmission reste à déterminer.

Une étude, dont la publication a été accélérée dans Nature, analyse la composition du virome dans plusieurs échantillons de pangolins saisis lors d’opérations anti-braconnage. Malgré son statut d’espèce protégée, le pangolin est le mammifère qui souffre le plus du commerce illégal. Sa chair est consommée en Asie et ses écailles sont utilisées en médecine chinoise.

Le coronavirus est bien d’origine naturelle

Bébé pangolin avec sa mère enroulée, photographiés dans les forêts de Palawan, aux Philipines. © Shukran888, Wikimedia Commons, CC by-sa 4.0

Les pangolins hébergent des coronavirus proches du SARS-CoV-2

L’analyse génétique des échantillons de pangolins ont permis d’identifier six souches de coronavirus qui appartiennent toutes au même groupe phylogénétique que le SARS-CoV-2, les béta-coronavirus. Au niveau génomique, les gènes des six souches de pangolins sont organisés de la même façon que ceux du SARS-CoV-2.

Ces six virus possèdent entre 85,5 % et 92,4 % de similarité de séquence avec le coronavirus humain. Ils se divisent en deux branches phylogénétiques dans l’arbre d’évolution des coronavirus, dont une particulièrement proche du SARS-CoV-2. Une souche, appelée GDP2S, appartenant à cette branche a été isolée des écailles d’un pangolin provenant de Guangdong. Les scientifiques n’ont réussi qu’à reconstruire une partie du génome de GDP2S, mais le fragment obtenu est identique à 75 % au SARS-CoV-2.

Du côté des protéines, la protéine virale qui reconnait le récepteur cellulaire est similaire à 97,4 % entre les coronavirus de...

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