Un mystérieux virus découvert dans un lac brésilien

Céline Deluzarche, Journaliste

Baptisé Yaravirus, du nom de la reine de l'Amazone Yara, le nouveau virus découvert par une équipe franco-brésilienne dans le lac artificiel de Pampulha, près de Belo Horizonte au Brésil, appartient à une lignée encore inconnue, c'est ce que révèle une nouvelle étude parue sur le site de pré-publication bioRxiv. Sur les 74 gènes que comporte ce virus infectant les amibes (un protozoaire vivant dans l’eau), 68 ne figurent dans aucune base de données phylogénétique, ce qui signifie que 90 % de son génome est inconnu. Les chercheurs ont comparé son génome avec 8.535 autres métagénomes et n’ont trouvé aucune correspondance. « Une telle proportion de gènes orphelins [qui ne codent pour aucune protéine fonctionnelle connue, ndlr] n’a jamais été observée chez un virus de l’amibe depuis la découverte des Pandoravirus », notent les auteurs.

Le cycle viral du Yaravirus. Une particule virale est associée à la membrane de la cellule hôte de l’amine et pénètre à l’intérieur grâce à une vésicule endocytaire. Le virus occupe alors la région nucléaire de la cellule et « recrute » les mitochondries de celle-ci pour répliquer son ADN (image notée VF pour « viral factory »). © Paulo V. M. Boratto et al, bioRxiv, 2020

Un pandoravirus miniature ?

Découverts en 2013, les pandoravirus sont des virus géants aussi gros qu’une bactérie (environ 1 micromètre) et comportant plusieurs milliers de gènes. Les pandoravirus comptent ainsi 2.500 gènes, là où les virus classiques, comme ceux du VIH ou de la grippe, n’en comptent qu’une dizaine. Ces virus géants, dont la plupart des gènes ne sont répertoriés chez aucun autre virus, constituent un gros mystère pour les scientifiques qui s’interrogent sur l’utilité de tous ces gènes additionnels. Mais le cas de Yaravirus est encore plus étonnant, car il mesure à peine 80 nanomètres de diamètre, soit 10 fois moins que les pandoravirus, et ne présente aucune de leurs caractéristiques habituelles. « Nous avons ici identifié un tout nouveau type de virus...

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