Microbiote intestinal : ces bactéries qui nous veulent du bien

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L'alimentation joue un rôle capital sur l'état de santé de notre microbiote, ces milliards de bactéries, virus et autres champignons que nous abritons dans nos intestins.

Cet article est issu du magazine Sciences et Avenir - Les Indispensables n°205 daté avril/ juin 2021.

Grâce aux techniques de séquençage du génome qui ont permis d’identifier, il y a une dizaine d’années des espèces jusqu’alors inconnues dans notre flore intestinale, on estime aujourd’hui que quelque 100.000 milliards de bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes colonisent notre intestin grêle et notre côlon. Ces micro-organismes qui forment le microbiote intestinal assurent des fonctions immunitaires, digestives, neurologiques et métaboliques. Le microbiote de chaque individu, y compris de jumeaux, est absolument unique.

Un microbiote mature vers 3 ou 4 ans

Ce cocktail de micro-organismes se forme dans les premières années de vie. Le microbiote est considéré comme mature vers 3 ou 4 ans, même si sa composition évolue au cours de la vie. À la naissance, le nouveau-né absorbe les bactéries vaginales de sa mère, qui viennent ensuite coloniser ses intestins. Les enfants nés par césarienne ne sont donc pas en contact avec ces souches bactériennes, et le mode d’accouchement constitue donc l’un des premiers facteurs de différenciation. La génétique, la prise de médicaments, notamment les antibiotiques, notre obsession hygiéniste qui nous pousse à faire la chasse à tous les microbes qui nous entourent, ont aussi un impact sur le nombre ainsi que sur la diversité des micro-organismes présents dans notre système digestif.

Mais notre flore intestinale varie aussi au gré de notre assiette. "La nutrition détermine même de manière très forte la composition de notre microbiote", déclare Dominique Dardevet, chercheur à l'unité de nutrition humaine de l'Inrae. "Dans les pays industrialisés où l'alimentation ultratransformée s'est développée, la diversité microbienne est en baisse plus marquée", renchérit Anthony Fardet, chercheur à l'Inrae.

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