Covid-19 : pourquoi y a t-il si peu de cas de variant Omicron en France ?
Détecté pour la première fois en Afrique du Sud au mois de novembre, le variant Omicron continue sa progression en Europe et en France, où 59 cas ont été détectés, un total bien moins élevé que nos voisins européens. Comment expliquer cela ?
Alors que le premier cas de variant Omicron en France a été détecté à La Réunion le 30 novembre dernier, ce variant a été retrouvé dans 59 prélèvements au 9 décembre, selon Santé publique France. Porteur de nombreuses mutations, il est attentivement surveillé par les autorités sanitaires en raison de sa forte transmissibilité, même si la plupart des cas détectés ne présentent que des symptômes légers, selon l'Agence Européenne des Médicaments.
Au Royaume-Uni, 817 cas de Covid-19 dus au variant Omicron ont été détectés et l'Agence britannique de sécurité sanitaire a indiqué dans un communiqué qu'elle s'attend "à voir au moins 50% des cas de Covid-19 causés par Omicron d'ici deux à quatre semaines". Le 6 décembre, le Danemark avait déjà enregistré 569 cas liés à ce variant. En Afrique du Sud, pays dans lequel il a été détecté pour la première fois, il est déjà largement majoritaire après s'être répandu à une vitesse folle.
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Le Royaume-Uni et le Danemark séquencent en masse
Si le Danemark a déjà enregistré autant de cas liés à ce nouveau variant, c'est sans doute parce que le pays est le champion européen du séquençage depuis un an, cette technique permettant d'identifier un variant. Cela va de soi, plus il y a de séquençage, plus les chances de détecter le variant Omicron sont élevées. Ce n'est pas un hasard si l'autre pays européen présentant le plus grand nombre de cas liés au variant Omicron est le Royaume-Uni. Comme le Danemark, le pays séquence un grand nombre de ses tests positifs.
En début d'année, lorsque les pays commençaient à séquencer suite à l'apparition du variant Alpha, dit "anglais" à l'époque, la France était à la traine par rapport à certains comme le Royaume-Uni et l'Allemagne. Au mois de février dernier, juste avant la troisième vague, seulement 0,15 % des tests positifs était séquencé. Mais la surveillance génomique étant un pilier majeur dans la lutte contre le Covid-19, la France a décidé de lancer le projet EMERGEN, mis en place pour suivre l'évolution génétique du virus SARS-CoV-2 et pour détecter l'émergence et la distribution spatio-temporelle de variants.
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Fin novembre, le président national du syndicat des biologistes François Blanchecotte affirmait au site Public Sénat que la France peut "séquencer jusqu’à 50 % des tests positifs les jours d'enquête". Sauf que, lors de la semaine 48 (semaine allant du 29/11 au 05/12), 9 490 tests ont été séquencés sur les 64 810 tests PCR positifs, soit un pourcentage de 14,64%. Sur toute l'année 2021, la France à séquencé 1,6% des tests revenus positifs.
"Le séquençage est le talon d'Achille du dépistage en France"
Pour le généticien Philippe Froguel, également interrogé par Public Sénat, "le séquençage est le talon d'Achille du dépistage en France". La mise en place des séquençages est encore trop lente, mais "il faudrait du personnel et de l’argent" pour remédier à cela, ajoute le professeur au CHU de Lille.
Le médecin généraliste et sénateur écologiste Bernard Jomier pense qu'avec plus de séquençages, le variant Omicron aurait été détecté bien avant sur le territoire. "Avec davantage d'analyses, nous aurions sans doute déjà détecté la présence d'Omicron sur notre territoire, il y a une semaine ou quinze jours", déclarait-il fin novembre au site politique et parlementaire, a lorsqu'aucun cas de variant Omicron n'avait encore été détecté en France.
59 cas de variant #Omicron ont été recensés à ce jour en France, indique Santé publique France.
Rappelons que ce nombre est probablement sous-estimé par rapport à la réalité, puisqu'il dépend du séquençage.https://t.co/5Zxn5tJSww
1/ ⤵️ pic.twitter.com/3hrFzktYfF— Nicolas Berrod (@nicolasberrod) December 9, 2021
Si la France a détecté si peu de cas Omicron, c'est sans doute à cause du séquençage qui n'est pas aussi performant que chez certains de nos voisins. Le nombre de cas lié à ce nouveau variant est donc largement sous-estimé. Chaque jour, environ 500 prélèvements présentent une suspicion, indiquait au Parisien le directeur général de l'Assurance Maladie, Thomas Fatôme.
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