Covid-19 : la France très en retard dans le séquençage du virus

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Détecter des variants plus contagieux, identifier les évènements de superpropagation, suivre de près l’épidémie… Le séquençage s’avère essentiel contre le coronavirus. Mais, comme dans d’autres aspects de cette lutte, la France est en retard.

L’Hexagone ne fait pas bonne figure devant son voisin britannique. Larguée dans la course pour le vaccin et très en retard avec la (), c’est maintenant au niveau du séquençage du coronavirus que les différences se creusent. Alors que les Britanniques ont investi 20 millions de livres pour créer leur en mars 2020 (suivi de 12 millions à la fin de l’année), la France n’a toujours pas financé de programme spécifique pour coordonner un séquençage du coronavirus à niveau national. Résultat : des 500.000 génomes disponibles dans la base de données de , près de la moitié proviennent du Royaume-Uni, contre . « C’est aussi le résultat de près de 30 ans de politique d’austérité dans les milieux hospitalo-universitaires ; on est dans la logique du moindre coût, regrette Samuel Alizon, expert en écologie évolutive et modélisation des maladies infectieuses. Pourtant, on alerte depuis le début de la pandémie qu’il faut mettre en place et coordonner un système de séquençage en France, mais il n’y a pas eu de financements pour ça. » Un retard potentiellement lourd de conséquences comme l’illustre l’évolution des « variants » (qui n’auraient pas été détectés aussi rapidement sans le séquençage), mais aussi des études qui montrent son utilité pour suivre l’épidémie de plus près.

Un outil essentiel pour le suivi de l’épidémie

Le séquençage est un outil extrêmement puissant, qui a été très utilisé au début de la pandémie pour suivre la propagation du virus dans le monde, en reconstruisant son . Il a aussi servi à retracer les chaînes d’infection à l’intérieur d’un pays ou d’une ville, d’une façon parfois plus efficace que le suivi de contact classique : « Souvent il est difficile et cher de retracer les chaînes d’infection juste en demandant aux gens avec qui ils ont été en contact, parce qu’ils peuvent avoir oublié, ou peut-être tout simplement n’ont pas envie de répondre à ces questions, qui sont très intrusives, tout comme les applications mobiles pour suivre et informer les conta[...]

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