Covid-19 : la France tente de rattraper son retard dans le séquençage du virus

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Outil essentiel pour suivre efficacement l’épidémie et détecter l’émergence de nouveaux variants, le séquençage avait été délaissé par la France. Avec le consortium Emergen, l’Hexagone commence à rattraper son retard.

Coup de boost pour la France ! Après des mois à la traine dans la course du séquençage du coronavirus, l’Hexagone semble enfin avoir compris l’importance de cet outil pour le suivi de l’épidémie et la détection des variants préoccupants. En février 2021, la France du virus avec la plateforme internationale (base de données regroupant les séquences du coronavirus déposées par des chercheurs du monde entier), 40 fois moins que le Royaume-Uni !

Mais cet écart commence à être rattrapé et la France a déjà séquencé 79.000 séquences, ayant partagé 42.000 d’entre elles avec Gisaid. Un coup d’accélérateur rendu possible par le consortium Emergen, coordonné par Santé publique France, l’Inserm et l’ANRS Maladies infectieuses émergentes. “Avec plus de 40.000 séquences déposées, la France est 6e au monde pour le dépôt de séquences à Gisaid”, s’enthousiasme Bruno Coignard, directeur de la division de maladies infectieuses à Santé publique France, lors de la présentation du consortium. En réalité, la France était 9e au 1er juillet 2021, derrière les États-Unis, le Royaume-Uni, l’Allemagne, le Danemark, la Suède, le Japon, le Canada et la Suisse, selon le site de .En décembre 2020 on n’avait déposé que 2.000-3.000 séquences. La France commence à rattraper son retard”, poursuit-il. Un effort de séquençage partagé au niveau national entre l’Institut Pasteur, les hospices civils de Lyon (HCL), l’Assistance Publique — Hôpitaux de Paris (AP-HP) et l’Assistance Publique — Hôpitaux de Marseille (AP-HM), et au niveau local par les ARS et le réseau des virologues hospitaliers.

Un grand retard à l’allumage

Alors que le Royaume-Uni avait décidé de créer son propre consortium de génomique du Covid-19 en mars 2020, la France a attendu l’émergence des variants pour réaliser à quel point la génomique serait essentielle dans la lute épidémique. “On a besoin de suivre l’émergence des nouveaux variants à une échelle locale et le séquençage est la seule technique qui peut permettre de détecter et [...]

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