Covid-19 : "On est à la croisée des chemins", ce que le variant Omicron pourrait changer

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Photo d'illustration (AFP)

L'émergence du variant Omicron, qui pourrait être plus contagieux que le variant Delta, pourrait faire évoluer la pandémie de SARS-Cov-2.

Le variant Omicron est au cœur des inquiétudes, alors que de nombreux pays ont détecté des cas de ce variant, dont la France sur l’île de la Réunion. Une "course contre la montre" est engagée contre le variant Omicron, selon Ursula von der Leyen, présidente de la commission européenne : en plus de la France, des premiers cas de variant Omicron ont ainsi été détectés en Italie, au Portugal, aux Pays-Bas, au Royaume-Uni, en Allemagne, au Canada ou encore en Australie.

Une inquiétude qui s'explique notamment par les nombreuses mutations entre Delta et Omicron. Une mutation mise en image par le prestigieux hôpital italien Bambino Gesù, où l'on peut comparer Delta, à gauche, et Omicron, à droite. "On voit bien que le variant Omicron présente beaucoup plus de mutations que le variant Delta, concentrées avant tout dans une zone de la protéine qui interagit avec les cellules humaines", a expliqué l'équipe de chercheurs dans un communiqué paru dimanche.

"Un potentiel de propagation très rapide"

De premières observations ont été partagées par les scientifiques sud-africains, où ce variant à été identifié pour la première fois. "Nous pouvons voir qu’il a un potentiel de propagation très rapide", a expliqué, jeudi, le virologue Tulio de Oliveira, lors d’un point presse du ministère sud-africain de la Santé. Selon la plateforme GISAID, avec 110 cas séquencés, le variant Omicron représente plus de 70% des cas séquencés de Covid en Afrique du Sud.

Si des indices montrant une forte transmissibilité se multiplient, "il faut faire attention aux données. Le potentiel de transmission accru est estimé sur un tout petit nombre de cas, presque tous localisés dans la même région du Guateng. Les plus de 70% de cas sont donc calculés sur un très faible nombre, donc peu représentatif", nuance le biologiste Claude-Alexandre Gustave, qui appelle à attendre quelques jours avant d'avoir les premières estimations concernant l'éventuelle transmissibilité accrue d'Omicron comparé à Delta.

"Un variant peut être présent depuis plusieurs semaines"

"Attention aussi aux effets d'annonce dans de multiples pays. On détecte rapidement de nouveaux cas, laissant croire que le variant progresse de manière fulgurante, alors qu'il est peut être présent depuis plusieurs semaines, mais on ne le détectait pas car on était focalisé sur Delta. Maintenant qu'on sait qu'Omicron existe, on le cherche en permanence", poursuit-il. Une hypothèse qui prend du poids après l'annonce des Pays-Bas que le variant Omicron était déjà sur leur sol le 19 novembre.

S'il est plus contagieux, Omicron devrait progressivement remplacer le variant Delta, qui a lui-même remplacé la souche d'origine du SARS-CoV-2, grâce à sa transmissibilité accrue. En revanche, le flou règne concernant l'efficacité des vaccins et la virulence de ce variant. Des facteurs, cumulés à une contagion accrue, qui pourraient avoir des conséquences sur l'avenir de la pandémie.

"On est à la croisée des chemins"

"On est à la croisée des chemins. Soit Omicron est un variant plus contagieux et moins virulent, ce qui veut dire qu'il entraînerait moins d'hospitalisations suite à la maladie, ce qui serait une bonne nouvelle. Soit c'est un variant plus contagieux et au moins aussi virulent voire davantage, ce qui signifierait qu'il entraînera une nouvelle vague de contaminations avec un impact significatif sur l'hôpital", résume Étienne Decroly, virologue au CNRS.

Pour autant, le scénario d'un variant moins virulent semble peu probable aux yeux de certains scientifiques : "il n'y a aucune raison qu'Omicron soit moins virulent. Non seulement sa transmissibilité accrue peut signifier une invasion plus rapide lors de l'infection ; mais il a aussi des mutations qui risquent de rendre inactive, une part plus ou moins importante de nos anticorps", relève Claude-Alexandre Gustave.

Des symptômes légers constatés

Des scénarii qui ne sont pour l'heure que des suppositions, en attendant des données consolidées autour de la transmission et de la virulence d'Omicron, qui devraient mettre plusieurs semaines avant d'être connues.

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En Afrique du Sud, la médecin Angélique Coetzee, qui a traité une trentaine de patients Covid contaminés par le nouveau variant Omicron, a déclaré ces derniers jours n'avoir constaté pour l'instant que des convalescences sans hospitalisation et parle de "symptômes légers" : de la "fatigue extrême", des courbatures, "une toux sèche" ou "une gorge qui gratte". Seulement quelques-uns avaient une faible fièvre.

Des patients "pas représentatifs"

"Il s'agit de patients plutôt jeunes, d'une quarantaine d'années, dont certains étaient vaccinés, et dont le nombre est trop faible pour être représentatif, donc on ne peut pas affirmer qu'Omicron est moins virulent que Delta", relativise Philippe Froguel, professeur de médecine, généticien, endocrinologue au CHRU de Lille.

En janvier dernier, l'épidémiologiste Adam Kucharski démontrait, graphique à l'appui, comment un variant plus transmissible entraine une hausse de la mortalité plus importante qu'un variant plus mortel.

"Le problème à court terme, c'est Delta"

"Quel que soit le scénario, le problème à court terme de la France et de l'Europe, c'est le variant Delta. Omicron peut-être un problème à moyen terme. Mais dans tous les cas, il est nécessaire de faire sa dose de rappel et a charge des compagnie pharmaceutiques d'adapter les vaccins ARN à Delta voire à Omicron le plus rapidement possible", poursuit Étienne Decroly, alors qu'en France le taux d'incidence grimpe de 60% et le nombre d'admissions à l'hôpital de 33% sur les sept derniers jours. Le pic d'hospitalisations de la quatrième vague a même déjà été dépassé dans certains départements.

Pfizer a déjà créé par le passé deux nouvelles versions de son vaccin en moins de 100 jours, contre les variants Delta et Beta, qui n'ont finalement pas été utilisées. Au besoin, "en 95 jours, nous aurons le nouveau vaccin" contre Omicron, a assuré le PDG de Pfizer Albert Bourla sur CNBC. Le laboratoire Moderna, qui produit aussi un vaccin contre le Covid, a annoncé vendredi son intention de développer une dose de rappel spécifique pour Omicron.

VIDÉO - Ce qu'il faut savoir sur le variant Omicron

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