Covid-19: des cartes et courbes pour comprendre la "reprise épidémique" en France

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SCIENCE - En France, les “prémices d’une reprise épidémique” sont là, a déclaré Gabriel Attal ce mercredi 7 juillet à la sortie du Conseil des ministres. La situation se détériore particulièrement vite en Île-de-France et en Paca, a souligné le porte-parole du gouvernement.

En effet, les courbes du nombre de cas de Covid-19 repartent à la hausse et les cartes se colorent à nouveau de rouge ces derniers jours. Certes, l’incidence est encore très faible, ce qui nous laisse du temps pour agir, notamment en augmentant la couverture vaccinale, a rappelé Gabriel Attal. Mais la situation a clairement changé depuis peu.

La faute, évidemment, au variant Delta qui va inéluctablement s’imposer en France dans les semaines à venir, comme ce fut le cas notamment au Royaume-Uni. Sur l’ensemble des tests criblés afin de vérifier si la mutation caractéristique de Delta est présente, 42% ressortent positifs. Une semaine plus tôt, seuls 21% des tests l’étaient. Ce taux augmente continuellement depuis le mois d’avril.

En mai et en juin, quand les épidémiologistes donnaient déjà l’alerte alors que la France était quasiment aveugle face à la progression de Delta, il restait une incertitude: est-ce que ce nouveau variant allait simplement remplacer le dominant, Alpha, ou allait-il provoquer une nouvelle vague de Covid-19?

En clair, est-ce que dans une France en partie vaccinée (pas suffisamment) et clairement déconfinée, le taux de reproduction de Delta, le fameux R effectif, allait repasser au-dessus de 1? Malheureusement, depuis le 30 juin, on voit justement que l’incidence augmente au fur et à mesure que Delta progresse.

On pourrait pour autant se dire que la hausse est à peine visible. Après tout, l’incidence reste inférieure à 25, un niveau presque inimaginable pendant l’hiver dernier.

Effectivement, la situation est loin d’être catastrophique. Mais l’important, c’est la dynamique, la tendance. Si le virus progresse, il finira par y avoir une vague de nouveaux cas. Et plus il progresse vite, plus la vague sera forte. Sur une semaine, l’incidence a augmenté de près de 30%. Elle baissait encore de 23% il y a 7 jours. Le taux de positivité, qui chutait jusqu’à la fin juin, commence doucement à remonter, à 0,9%.

Tous les territoires ne sont pas encore logés à la même enseigne. En Île-de-France, en Paca, mais aussi en Bretagne et en Nouvelle-Aquitaine, le nombre de département où l’incidence est en hausse grandit jour après jour, même si celle-ci reste encore basse.

De la même manière, si le variant Delta représente plus de 40% des cas criblés, il n’est pas présent partout avec la même force. Dans certains départements comme les Landes, la Haute-Savoie ou le Loir-et-Cher, Delta est détecté dans plus de 80% des cas criblés. Dans 36 départements au moins, il semble majoritaire.

La carte ci-dessous permet de mieux comprendre cette situation géographique (les départements ayant criblé moins de 30 cas sur la dernière journée d’analyse ne sont pas pris en compte, car le pourcentage n’est pas représentatif, selon Santé publique France).

Il est clair que d’ici quelques semaines, cette carte sera entièrement en bleu foncé. Reste maintenant à savoir ce que cela aura comme impact sur l’épidémie de Covid-19 en France.

Derrière les cas, l’incertitude des hospitalisations

Est-ce que l’incidence va continuer de progresser comme au Royaume-Uni, où le nombre de cas a déjà dépassé les niveaux atteints mi-décembre, en pleine deuxième vague? Le niveau de vaccination de la population sera-t-il suffisant pour endiguer cette vague? Ou au moins empêcher qu’elle n’entraîne des hospitalisations en masse?

On sait en effet que les vaccins protègent encore très fortement contre le variant Delta, mais uniquement avec deux doses (80% de risque en moins). Une seule dose diminue le risque de contracter le Covid-19 de 30% seulement, contre 50% contre le variant Alpha. Par contre, une dose diminue le risque d’hospitalisation de 75% (95% après deux doses).

Pour autant, la couverture vaccinale n’est pas du tout suffisante aujourd’hui pour empêcher une nouvelle vague hospitalière à la rentrée, qui sera différente de la première, indiquait récemment l’Institut Pasteur.

Une analyse dévoilée sur Twitter (non relue par des pairs) de l’équipe de modélisation ETE du CNRS explique ce mercredi 7 juillet, à partir de données récentes, que le variant Delta a un avantage de transmission de 70% dans plusieurs régions françaises actuellement.

Au vu de ces informations, les chercheurs ont modélisé l’impact sur les hospitalisations à la rentrée dans 3 scénarios:

  1. Tendance de contamination similaire, avec 70% de vaccinés d’ici septembre

  2. Tendance de contamination similaire, avec 60% de vaccinés d’ici septembre

  3. Tendance de contamination similaire, avec 70% de vaccinés d’ici septembre et une hausse de 10% du nombre de contacts (donc plus de circulation du virus)

Le résultat montre qu’une vague hospitalière d’ici début septembre est loin d’être certaine, mais est clairement envisageable.

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La situation au Royaume-Uni, où le variant Delta entraîne aujourd’hui une marée de cas mais pour le moment une hausse plus limitée des hospitalisations, sera à suivre avec attention dans les semaines à venir.

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Cet article a été initialement publié sur Le HuffPost et a été actualisé.

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