Covid-19 : que nous apprend l'analyse des séquences supprimées du SARS-CoV-2 par un chercheur américain ?

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L'origine de la pandémie de Covid-19 est encore nimbée de mystère et au cœur de nombreuses théories, parfois tirées par les cheveux. Les scientifiques de l'OMS, en mission en Chine début 2021 sur les traces des premières heures de l'épidémie, n'ont pas rendu de conclusion tranchée. Bien qu'elle refasse souvent surface dans les médias, la théorie d'un accident de laboratoire est jugée comme la moins probable. Concernant le rôle du marché exotique de Wuhan, il reste à définir. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a conclu que le coronavirus s'est bel et bien propagé dans le marché, mais l'évènement zoonotique n'a visiblement pas eu lieu entre ses étals.

Origine du coronavirus : l'accident de laboratoire jugé extrêmement improbable par l'OMS

Un généticien spécialiste de l'évolution de virus au Hutchinson Cancer Research Center de Seattle s'intéresse aussi aux origines du SARS-CoV-2. En quête des premières séquences génétiques isolées à Wuhan, il a remarqué que plusieurs d'entre elles, autrefois publiées dans la base de données NIH Sequence Read Archive, par les auteurs d'une publication parue ultérieurement dans Small, ont été retirées à leur demande. Néanmoins, elles sont toujours présentes dans les figures de la publication. Jesse Bloom a analysé ces séquences qui sont passées inaperçues.

L'origine de la pandémie de Covid-19 interroge encore. © blvdone, Adobe Stock
L'origine de la pandémie de Covid-19 interroge encore. © blvdone, Adobe Stock

Faire parler les séquences oubliées

Dans son travail, Jesse Bloom explique qu'il y a une « énigme » concernant la phylogénie du SARS-CoV-2. Les premières séquences isolées de ce virus, au début de la pandémie chez des patients ayant fréquenté le marché de Wuhan, divergent plus de RaTG13, le coronavirus de chauve-souris le plus proche du SARS-CoV-2, que les séquences isolées plus tard, alors que la pandémie progressait hors de Chine. La logique voudrait que les séquences du début de la pandémie soient les plus proches des coronavirus portés par les chauves-souris.

Parmi les 50 séquences exhumées, Jesse...

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