Un coronavirus quasi identique au SARS-Cov-2 découvert au Laos

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Des chercheurs de l’Institut Pasteur ont isolé des virus de chauves-souris présentant des similitudes extrêmement élevées avec le coronavirus SARS-CoV-2 à l’origine de la pandémie de Covid-19. Ces virus pourraient constituer le chaînon manquant expliquant le passage à l’Homme. Une découverte qui renforce l’hypothèse d’une origine naturelle du SARS-CoV-2 mais qui montre aussi que ce genre de dangereux virus est bien plus répandu dans la nature qu’on ne le pense.

En février 2020, des chercheurs chinois avaient découvert chez des chauves-souris au Yunnan une souche de coronavirus nommée RaTG13 et identique à 96,2 % au SARS-CoV-2, le virus à l’origine de la pandémie actuelle. En novembre, des chercheurs de l’Institut Pasteur en France avaient isolé trois coronavirus chez des chauves-souris au Laos partageant de grandes similitudes avec le SARS-CoV-2 (lire article ci-dessous). Dans une nouvelle analyse livrée à Nature, cette découverte est aujourd’hui confirmée : les trois souches, nommées Banal-52, Banal-103 et Banal-236, partagent à 95 % leur génome avec le SARS-CoV-2, et l’un d’eux, Banal-52, serait même similaire à 96,8 %, soit le plus proche parent du SARS-CoV-2 jamais identifié. « Cela renforce l’hypothèse selon laquelle le Sars-CoV-2 a une origine naturelle [et n’est pas issu d’un manipulation en laboratoire, ndlr], mais fait aussi craindre qu’il existe de nombreux coronavirus dans la nature susceptibles d’infecter l’humain », atteste Nature.

Des virus de chauves-souris capables pour la première fois de se lier à un récepteur humain

Jusqu’à présent, aucun des virus trouvés chez les chauves-souris ne présentaient des caractéristiques suffisantes pour expliquer leur transmission à l’humain. Une des clés de cette infection réside notamment dans la séquence codant la protéine de pointe présente à la surface du SARS-CoV-2. Cette séquence appelée RBD (receptor binding domain) est essentielle car elle détermine l'affinité de liaison du virus au récepteur ACE2, présent sur les cellules humaines et qui sert de porte d’entrée au virus.

Malgré ses similitudes, RaTG13 montre ainsi une faible affinité avec la séquence RBD du SARS-CoV-2, avec seulement 11 acides aminés sur 17 identiques. La capacité d’infection de RaTG13 reste donc limitée. « Aucun virus proche du SARS-CoV-2 n’utilise ACE2 pour pénétrer dans les cellules humaines », observent les auteurs de l’article (encore non relu) publié sur Research Square. Dans l’autre sens, le...

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