Comment détecte-t-on les variants du Covid-19 ?

Maxime Poul
·3 min de lecture
Le Royaume-Uni est parvenu à détecter un variant du Covid-19 sur son territoire grâce à une politique de séquençage massive.

Le variant du Covid-19, plus contagieux et découvert il y a quelques semaines en Grande-Bretagne, commence à circuler sur le territoire français, ce qui inquiète les autorités. Comment fait-on pour détecter les différents variants ?

C’est un sujet d’inquiétude depuis plusieurs semaines. Au mois de décembre, le Royaume-Uni annonçait avoir découvert un variant du coronavirus dans le sud de l’Angleterre et la région de Londres. S’il ne change pas la nature de la maladie et si les vaccins développés sont a priori suffisamment puissants pour lutter contre ce variant, il serait 40 à 70% plus contagieux que le virus que nous connaissons en France, a annoncé Olivier Véran. C’est pourquoi l’OMS appelle l’Europe à “en faire plus” face à ce variant “alarmant”.

VIDÉO : la France est-elle suffisamment armée pour suivre à la trace le variant britannique ?

Depuis le début de l’épidémie, beaucoup de variants du coronavirus SARS-CoV-2 ont circulé dans le monde. Par exemple, le “cluster à risque” en Bretagne soupçonné dans un premier temps de correspondre à cette mutation britannique appelée VOC-202012/1 correspond finalement à un autre variant déjà isolé sur le territoire au mois d’octobre.

Une seule manière de les détecter

Les mutations du coronavirus ne sont pas simples à détecter au sein d’une population. Seul le séquençage des génomes viraux, que l’on peut comparer à une analyse complète de la carte d’identité du virus, peut permettre de repérer ces variants. Stéphanie Haïm-Boukobza, virologue interrogée par RMC, raconte les longues étapes de ce séquençage qui peut durer 3 jours : “On va lire les séquences du virus comme si on lisait dans un livre où chaque gène du virus correspondrait à un chapitre du livre. Après on va regarder tous les mots de chaque chapitre et on va regarder si dans les mots il y en a certains qui ont varié. Et là ça voudra dire qu’on est en présence de mutant et possiblement du variant anglais”.

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Problème, le réseau de séquençage n’est pas bien développé en France, comme l’explique à Europe 1 le professeur Gilles Pialoux, chef du service des maladies infectieuses à l’hôpital Tenon à Paris : “On n’a pas une base de données nationales de tous les séquençages, et deuxièmement, on ne séquence pas assez. Les laboratoires de virologie séquencent 100 fois moins que les Britanniques”, concède-t-il.

Des tests PCR pour mettre sur la piste

S’il n’existe pas d’autres manières que le séquençage pour identifier les variants comme celui venu d’Angleterre, des tests RT-PCR peuvent permettre d’obtenir un indice de sa présence. Certains tests PCR, comme ceux commercialisés par Thermo Fisher, fonctionnent en détectant trois gènes. Lorsqu’une personne est positive au Covid-19 dit “classique”, les 3 gènes apparaissent positifs sur le test, alors qu’avec le variant britannique il y a 2 positifs et un négatif. Une réaction suspecte qui ne permet pas d’affirmer à 100% qu’il s’agit d’un variant mais qui donne un fort indice. Au contraire, une positivité sur les trois cibles écarte avec une haute probabilité le variant britannique. De ce fait, les tests avec 2 gènes positifs sont envoyés en séquençage pour confirmer qu’il s’agit du variant. Sans ces tests PCR, le séquençage est réalisé de manière aléatoire et les variants du virus mettent donc du temps à être détectés.

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