Des centaines de génomes ancestraux reconstruits par algorithme éclairent l'évolution

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Grâce à une nouvelle méthode, les scientifiques peuvent désormais reconstruire les chromosomes d'espèces ancestrales parfois vieilles de plusieurs centaines de millions d'années, et ce, en très peu de temps. De quoi mieux comprendre comment la Vie a évolué et peut-être aussi faciliter la renaissance de certaines espèces disparues.

"Pourquoi les biologistes cherchent-ils à recréer des génomes ancestraux ? Parce qu'ils évoluent au fil du temps. Les gènes se cassent, se combinent, se réordonnent. Les chromosomes peuvent fusionner, fissionner, s'inverser. Et notre méthode permet d'identifier tous ces remaniements sur plusieurs centaines de millions d'années" explique, en guise d'introduction, Matthieu Maffuto, bio-informaticien aujourd'hui employé au Wellcome Sanger Institute à Hixton, en Angleterre. Ses travaux ont débuté il y a une dizaine d'années et aboutissent aujourd'hui à un article, encore en prépublication, présentant la reconstruction génomique de centaines d'espèces aujourd'hui disparues. Une formidable base de données, , et qui permettra à d'autres scientifiques de travailler de façon plus pointue sur un animal ou une plante pour tenter de comprendre les causes à l'origine de ces réarrangements chromosomiques.

Un algorithme rapide et précis

Toutes les formes de Vie actuelles sont issues d'espèces ancestrales elles-mêmes issues d'espèces plus anciennes. Une longue chaîne de transmission qui si on la remonte nous amène à notre dernier ancêtre commun, Luca, qui vivait il y a 3,8 milliards d'années. Un bon dans le temps que n'est pas aujourd'hui capable de franchir l'algorithme mis au point par Matthieu Maffuto mais qui permet déjà de visualiser le patrimoine génétique d'ancêtres ayant vécu il y a des centaines de millions d'années. Pour plonger ainsi dans le passé, "l'algorithme fait essentiellement trois choses : il compare le génome d'espèces voisines, identifie les gènes qu'elles ont en commun et les combine afin de dresser le profil chromosomique de leur ancêtre commun" explique le chercheur. Plus il a de données à se mettre sous la dent (c'est-à-dire d'espèces à comparer) et plus il mouline pour remonter loin dans le passé et afficher des caryotypes complets. Le processus stoppant quand il n'y a plus assez de matériau pour travailler. Encore mieux : pas besoin de supercalculateur n[...]

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