Une ancienne souche d'Escherichia coli extraite d'une momie

Le plus ancien génome de la bactérie Escherichia coli a pu être reconstruit à partir de fragments vieux de 400 ans. Une opportunité pour mieux comprendre l'histoire de ce pathogène responsable d'intoxications alimentaires.

Contrairement aux pandémies bien documentées comme celles de la , qui a persisté pendant près d'un demi-millénaire et qui a décimé la moitié de la population européenne, il n'y a pas de registres historiques permettant d'étudier l'impact causé par des bactéries responsables d'épidémies beaucoup plus circonscrites. Ainsi, on ne sait pas vraiment de combien de morts sont responsables des pathogènes tels qu'Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa ou Staphylococcus aureus, bien qu'ils soient probablement liés à plusieurs millions de décès dans l'histoire.

Une bactérie commensale

Une des raisons expliquant cette anomalie tient au fait que la plupart de ces germes sont commensaux, c'est-à-dire qu'ils vivent en bonne intelligence avec leur hôte, dans ce cas l'humain. E.coli est, par exemple, présente dans l'intestin de tous les mammifères et de nombreux vertébrés, là aussi sans provoquer, la plupart du temps, de dégâts. Néanmoins, certaines souches de cette bactérie sont responsables d'intoxications alimentaires parfois sévères pouvant évoluer en septicémie ; elles affectent tout particulièrement les personnes les plus fragiles : vieillards, immunodéprimés ou jeunes enfants. L'actualité récente en a encore fait état avec le scandale des . Une part de la gravité des infections à E.coli tient à la capacité de cette bactérie de résister aux traitements habituels, la fameuse "résistance aux antibiotiques". Comprendre comment cette ou plutôt ces résistances ont été acquises permettraient aux médecins de mieux cibler les traitements et donc soigner les malades. D'où l'intérêt de disposer de souches anciennes datant d'avant l'époque d'Alexander Fleming, le découvreur de la pénicilline.

Une momie italienne du 16e siècle d'où a été extrait des fragments d'ADN d'E.coli. Crédit : Division de Paléopathologie de l'Université de Pise.

Des nobles momifiés

C'est une telle souche, vieille de 400 ans, qui a été identifiée dans une momie italienne. Elle appartient à un groupe de nobles it[...]

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