Un an après son émergence, l'origine d'Omicron reste nimbée de mystère

En novembre 2021, les autorités sanitaires sud-africaines ont partagé l'existence d'un nouveau variant du SARS-CoV-2, baptisé Omicron. Son émergence a bouleversé l'épidémie de Covid-19 au niveau mondial. En quelques semaines, il a envahi l'Afrique, puis le monde entier quelques mois plus tard malgré la restriction de liaisons aériennes depuis et vers l'Afrique du Sud.

Un succès inédit pour un variant dont les origines phylogénétiques demeurent mystérieuses. Très différent du variant Delta, qu'il a détrôné en un temps record, d'où vient le variant Omicron ? Les chercheurs de l'hôpital universitaire de la Charité à Berlin et leurs collègues travaillant aux quatre coins de l'Afrique viennent de publier leur analyse concernant l'ascendance d'Omicron, dans Science. Les ancêtres du variant le plus performant étaient présents bien avant son émergence.

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Omicron prend racine en Afrique de l'Ouest

Les chercheurs ont analysé les écouvillons naso-pharyngés de plus de 13 000 personnes venant de plusieurs pays africains entre la moitié et la fin de l'année 2021, fenêtre durant laquelle le variant Omicron semble avoir émergé. Les analyses se sont concentrées sur les mutations propres à Omicron. Il en possède plus de 50 qui le distinguent du SARS-CoV-1 originel, aussi bien dans la protéine S que dans d'autres protéines virales. Le variant Omicron possède une insertion génétique rare chez les autres sous-variants d'Omicron et absente du variant Delta : l'insertion spike 214 EPE ou ins214EPE située dans la partie N-terminale de protéine S. Cette particularité génétique permet d'identifier le variant Omicron BA.1, le premier d'une liste désormais très longue de sous-variants appartenant à cette lignée, avec une spécificité de 98,4 %.

La première conclusion de cette analyse est qu'il est très peu probable qu'Omicron provienne d'un pays en dehors du continent africain. En effet, les signatures...

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